La temperatura de San Pedro de Atacama presenta características propias de un desierto de altura, es decir con sol durante todo el año y por las noches temperaturas que pueden llegar a descender a bajo cero, además de niveles mínimos de humedad .

En el verano (de diciembre a febrero) la temperatura durante el día marca un promedio de 27° C grados centígrados, llegando a extremos de 30° C grados, mientras que en la noche desciende hasta 16°C. Estas cifras varían en invierno (junio-agosto) con 22°C grados en el día y 4°C en promedio durante la noche, llegando a descender a extremos de -8 °C grados de temperatura.

La temporada de lluvias van de enero a marzo, conociéndose esta época como "invierno altiplánico" o "boliviano".

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